Struktur Organisasi dan Tata Kerja Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam telah ditetapkan oleh Menteri Kehutanan pada tanggal 1 Pebruari 2007 dengan dikeluarkannya Peraturan Menteri Kehutanan nomor P.02/Menhut-II/2007. BBKSDA Jawa Timur berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan tersebut termasuk ke dalam tipologi A.

Berikut Struktur Organisasi BBKSDA Jawa Timur berdasarkan Surat Keputusan Kepala Balai Besar Nomor : SK.44/BBKSDA.JAT.1.1/2014 tanggal 28 April 2014