Balai Besar KSDA Jawa Timur merupakan salah satu dari 8 (delapan) Balai Besar KSDA di Indonesia yang dibentuk berdasarkan pengembangan dan penyempurnaan organisasi dan tata kerja sebelumnya yang sudah tidak sesuai dengan perkembangan upaya konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya.

Pembentukan Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam Jawa Timur diatur berdasarkan Peraturan Menteri Kehutanan No. P.02/Menhut-II/2007 tanggal 1 Pebruari 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Konservasi Sumber Daya Alam.

Wilayah kerja Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam Jawa Timur merupakan penggabungan antara wilayah Balai KSDA Jawa Timur I dengan wilayah kerja Balai KSDA Jawa Timur II