Balai Besar KSDA Jawa Timur mempunyai tugas penyelenggaraan konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya dan pengelolaan kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam dan taman buru, koordinasi teknis pengelolaan taman hutan raya dan hutan lindung serta konservasi tumbuhan dan satwa liar di luar kawasan konservasi berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam menyelenggarakan tugas tersebut Balai Besar KSDA Jawa Timur menyelenggarakan fungsi :

1. penataan blok, penyusunan rencana kegiatan, pemantauan dan evaluasi pengelolaan kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, serta konservasi tumbuhan dan satwa liar di dalam dan di luar kawasan konservasi;
2. pengelolaan kawasan cagar alam, suaka margasatwa, taman wisata alam, dan taman buru, serta konservasi tumbuhan dan satwa liar di dalam dan di luar kawasan konservasi;
3. koordinasi teknis pengelolaan taman hutan raya dan hutan lindung;
4. penyidikan, perlindungan dan pengamanan hutan, hasil hutan dan tumbuhan dan satwa liar di dalam dan di luar kawasan konservasi;
5. pengendalian kebakaran hutan;
6. promosi, informasi konservasi sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya;
7. pengembangan bina cinta alam serta penyuluhan konservasi sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya;
8. kerja sama pengembangan konservasi sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya serta pengembangan kemitraan;
9. pemberdayaan masyarakat sekitar kawasan konservasi;
10. pengembangan dan pemanfaatan jasa lingkungan dan pariwisata alam;
11. pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga