Beberapa kawasan konservasi lingkup Balai Besar KSDA Jawa Timur mengalami kerusakan yang disebabkan kebakaran hutan, penjarahan, maupun bencana alam lainnya, yang mengakibatkan tidak optimalnya fungsi kawasan. Untuk itu beberapa tahun belakangan telah dilakukan pemulihan ekosistem.
Kawasan konservasi saat ini mengalami kerusakan dan perubahan vegetasi dengan luas mencapai 770.189 ha. Kerusakan ini berada di taman buru seluas 536,5 ha, di taman wisata alam seluas 4.210,3 ha, dan taman nasional seluas 765.442,29 ...