Beberapa kawasan konservasi lingkup Balai Besar KSDA Jawa Timur mengalami kerusakan yang disebabkan kebakaran hutan, penjarahan, maupun bencana alam lainnya, yang mengakibatkan tidak optimalnya fungsi kawasan. Untuk itu beberapa tahun belakangan telah dilakukan pemulihan ekosistem.